Schon in der Gründungsurkunde vom 27. April 1276 wurde ein Pfarrer Gerhard erwähnt, sodass man den Erstbau der Johanniskirche noch im 13. Jh. vermutet. Im Städtekrieg des 15. Jhs., als sich Bürger und Burgherren zunächst feindlich gegenüberstanden, wurde die Kirche zwischen 1457 und 1460 dermaßen zerschossen, dass ein Neubau erforderlich wurde. Teilweise die alten Fundamente nutzend, baute man ab 1468 eine 3-schiffige Hallenkirche mit 6 Jochen. Der Turm mit massivem Unterbau, über dem sich der hölzerne Glockenstuhl erhebt, erhielt seine Spitze 1523. Es gibt keinen Chorraum.
Die Kirche hat den 2. Weltkrieg mit einigen Blessuren überstanden. Der hölzerne Oberbau des Turms verbrannte und mit ihm die einzige Glocke. Die Fenster wurden zerstört und die Gewölbe hatten teilweise Löcher. Die Altäre blieben allerdings heil und deshalb verfügt die Kirche heute, zusammen mit den zurückgeholten, da ausgelagerten alten Kunstschätzen über eine sehenswerte Innenausstattung aus dem 15. bis 19. Jh. Der Turm erhielt 1979 sein altes Aussehen zurück.
Die ursprünglichen Zellengewölbe gingen bei einem Einsturz der Gewölbe 1534 bis auf zwei Joche im südlichen Seitenschiff verloren und wurden damals durch Rippengewölbe ersetzt. 1688 zerstörte ein Feuer den zur Nogat hin liegenden Teil der Kirche. Daraufhin verkürzte man das Schiff. So präsentiert sich heute der Backsteinbau der Hallenkirche mit 5 statt 6 Jochen. Der dreieckige Giebel über der östlichen Fassade stammt von 1851.
Ausstattung:
- Reste von 5 spätgotischen Altären, so die Verkündigung Mariens und ihre Krönung von ca. 1510
- Altar der Verkündigung Mariens von 1515,
- Marienaltar mit barockem Aufbau des 17. Jhs.,
- Spätgotische Kreuzigungsgruppe in der Vorhalle, Mitte 15. Jh.
- Sandsteinfigur der hl. Elisabeth von Thüringen, um 1410
- Chorgestühl, 15. Jh.
- hölzerner Kronleuchter aus der Gotik
- zwei Taufbecken aus dem 14. Jh., davon noch eines als Taufbecken in Gebrauch
- Tafelmalerei mit Darstellung des Urteils Salomons, Renaissance, um 1600, aus dem Danziger Malerkreis
- Kanzel, neogotisch, 19. Jh.
- weitere Altäre des 19. Jhs.
- Orgelprospekt von 1805
- Figur der in den Himmel aufgenommenen Muttergottes, eingebettet in ein Hirschgeweih als Kronleuchter (im östlichen Kirchenschiff)
- Kopie des barocken Bildnisses der Marienburger Muttergottes mit dem Jesuskind von 1629. Das Original in der Marienkirche des Hochschlosses ging 1945 zugrunde
- Epitaph für Petrus Conopas, gest. 1589 im Alter von drei Jahren,
- Grabplatte für Oberst Henning von Götz, gest. 1534.
