Erstmals urkundlich erwähnt wurde 1444 Nickelsdorf oder Sanct Niclas, das Dorf mit der dem hl. Nikolaus geweihten Kirche. Im Anfang gab es noch zusätzlich die Orte Koniec – das heißt Ende – und Koslau am anderen Ufer des Talter Gewässers. Den Verkehr zwischen den drei Orten übernahmen zunächst Boote, ab 1516 eine Holzbrücke. In der Folgezeit wuchsen die drei Siedlungskerne zu einem Kirchdorf zusammen. Um 1610 kommt dafür der Name Nikolaiken auf. Im 2. schwedisch-polnischen Krieg wurde Nikolaiken von den Tataren heftig zerstört und viele Einwohner verschleppt, erholte sich aber bald wieder. Friedrich Wilhelm I. erteilte 1726 die Stadtrechte.
Vor 300 Jahren gab es in der hiesigen Gegend noch einen erheblichen Elchbestand. Es wird berichtet, dass anlässlich einer Hofjagd, an der Kurfürst Friedrich III. von Brandenburg und August der Starke von Sachsen teilnahmen, an die 400 Elche zusammengetrieben worden seien.
Von großer wirtschaftlicher Bedeutung auch für Nikolaiken wurde der 1764/65 fertiggestellte Lötzener Kanal zwischen dem Löwentinsee – jez. Niegocin und dem Mauersee – jez. Mamry, der die Möglichkeit eröffnete, den riesigen Holzreichtum der Johannisburger Heide kostengünstig auch nach Nord-Ostpreußen zu transportieren und dort zu vermarkten.
Heute ist Nikolaiken ein Zentrum für die Binnenfischerei mit angeschlossenen einschlägigen Forschungseinrichtungen, aber seit dem 19. Jh. ein beliebtes Touristenzentrum mit ausladendem Yachthafen und vielfältigen Einkaufsmöglichkeiten. Das erste Hotel eröffnete in Nikolaiken 1888.
Bis 2003 soll Nikolaiken ein ganzjähriger Kurort der internationalen Spitzenklasse, das Monte Carlo Polens, werden. Projektentwickler ist die Firma Inter Commerce aus Warschau. Bis 2003 sollen 9.000 Wohnungen entstehen und etliche neue Dienstleistungsunternehmen sollen die Ansprüche der Touristen befriedigen. Für kulturelle und sportliche Bedürfnisse werden Amphitheater, Tennisplätze, Sportarenen, Spazierwege, Minigolfplätze und Schwimmbäder gebaut. Die Architektur orientiert sich dabei an historischen, anheimelnden Vorbildern mit engen Gassen und malerischen Plätzen. Die ersten Luxusappartements am Markt kosten 1.300 bis 1.500 US-Dollar/qm. Der Yachthafen ist mit zunächst 200 Liegeplätzen fertig gestellt. 600 weitere sollen folgen. Ein weiterer Hafen ist bei Dommelhof in Aussicht genommen.